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在房地产企业的土地增值税清算中，土地成本是一个重要的计算指标。

在实际操作中由于土地的获取成本结构复杂，包括土地出让金、土地开发费等多个方面，加之土地使用权期限、土地增值率、土地调准等因素的影响，导致房地产企业在土地成本计算时存在不准确的情况。这就给土地增值税的清算带来了隐患，一旦出现差错，就可能导致企业缴纳过高的土地增值税或者造成税收风险。

我国土地增值税法规定了土地增值税的减免政策，如对于合法取得土地使用权并用于自建商品房的企业，可以申请免征土地增值税。

在实际操作中，房地产企业在享受土地增值税减免政策时存在着政策不够清晰的情况，导致很多企业无法正确把握土地增值税减免的具体条件和程序，错失了减免的机会，增加了企业的税收成本。

在房地产企业中，很多企业对于税收管理重视不够，税收管理人员的专业水平和税务风险意识较低，对土地增值税清算存在着管理不规范的现象。

在企业内部，对于土地增值税的核算、申报、缴纳等环节的监督和审核不到位，容易造成疏漏和错误，导致税收风险的增加。很多企业对于税收政策和法规的了解不够深入，容易导致对于税收政策和法规的理解存在偏差，增加了税收风险。